南京医科大学创建于1934年,时名江苏省立医政学院。1957年,由镇江迁至南京,更名为南京医学院。1962年,被列为全国首批六年制医药院校。1981年,被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年,更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。
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